当サイトのブログ（Facebookページ）では何度も触れておりますが、モキに関しては煙突は壁出し（壁抜き）でいいのですが……
デザインなり、いろんな事情で屋根出し（屋根抜き）にするときは、ざっくり、このページを見ておくと良いと思います（右上のリンク）。
http://arrowfield.jpn.com/blog/?p=571
私も、新築案件であれば、屋根出し（屋根抜き）をお受けするのですが、そのときは「囲いフラッシング」を採用します。
水返しが確実なのは、本当に良いこと。
コーキング頼みは、本当に、漏れても特に差し支えないくらいのところに限らないと……
10年もすれば、まあ、ダメですわね。コーキング。それでも付くは付きますし、何年かは使えますけどね、薪ストーブ。
すると、この記事のように、かえって、トラブルが起こるには時間が経ちすぎていて対処が受けられず、かといって、家はそんなのまだ何十年も住むのに……と、困ったことになりがちです。
ぜひ、設置の際には、大丈夫なの？のスパンを、できるだけ長～く取ってください。
ちゃんとしたところなら、保証はできなくとも、長い時間を想定し、ベストを尽くすはずです。少なくとも10年で破たんするのが見えているような設置はしません。
以上、ご参考までに。